Сюжет
Министр Магии Корнелиус Фадж отстранён от должности и новый министр Руфус Скримджер теперь руководит министерством магии.
Северус Снегг, Беллатриса Лестрейндж и Нарцисса Малфой обсуждают судьбу Драко Малфоя. Вернувшийся в ряды Пожирателей смерти Снегг дает нерушимый обет, в котором клянется присматривать за Драко, и поможет ему выполнить поручение Волан-Де-Морта убить Дамблдора.
Тем временем Альбус Дамблдор забирает Гарри Поттера из дома Дурслей и трансгрессирует в дом бывшего преподавателя Хогвартса, Горация Слизнорта, где Дамблдор просит его преподавать в этом году в школе. Потом Гарри направляется к семейству Уизли, где узнает, что сдал С.О.В., и о свадьбе Флер Делакур и Билла Уизли. Единственное, что его расстраивает — это оценка по зельеварению, которая является недостаточной для обучения в классе Снегга, а зельеварение было необходимым предметом для обучения на Мракоборца.
Драко Малфой посещает магазин темных артефактов и договаривается с продавцом о чём-то важном. Свидетелями этого разговора, благодаря плащу-невидимке, стали Гермиона Грейнджер, Рон Уизли и Гарри Поттер. В Хогвартс-экспрессе Гарри узнает о Клубе Слизней, который основал Гораций Слизнорт, из лучших учеников имеющих те, или иные связи в магическом сообществе, либо показавшие себя экстраординарными волшебниками (Джинни Уизли).
Желая узнать, что же задумывает Малфой, Гарри прокрадывается в его купе и подслушивает разговор Драко и его друзей. Услышав хвастовство Малфоя по поводу каких-то дел, которые он должен сделать и может из-за этого не вернётся в Хогвартс на следущий год, Поттер попадает под заклинание Драко и становится неподвижным. Малфой избивает Гарри и оставляет его на полу в купе.
Через некоторое время Гарри был найден Нимфадорой Тонкс. Расколдовав его, она отправляет Гарри в школу, где Поттер узнаёт, что Снегг — новый учитель по защите от тёмных искусств. Гораций Слизнерот становится учителем по зельеварению. Из-за того, что у Гарри не оказывается учебника по Зельеварению, он берёт книгу, хранящуюся в шкафу в кабинете, и ему достаётся старый учебник «Расширенного курса зельеварения», подписанный «Собственность Принца-полукровки». Его таинственный бывший владелец делал пометки в книге, и, следуя им, Гарри становится лучшим на уроках по зельеварению, и даже выигрывает зелье абсолютной удачи.
Гарри начинает частные уроки с Даблдором, на которых он узнает о семействе Мраксов, ближайших родственниках Тома Реддла, кроме того он видит отрывки из юности Тёмного Лорда. Гарри видит, что Дамблдор постоянно прячет свою правую руку, которая выглядит как обожжённая, и спрашивает про неё Дамблдора, но тот молчит.
При походе в Хогсмид Гарри, Рон и Гермиона становятся свидетелями проклятия, наложенного на Кэти Белл с помощью серебряной цепочки. Гарри уверен, что эту цепочку Кэти передал Малфой, но доказательств у него нет.
Гарри теперь стал капитаном команды по квиддичу и тренирует новую сборную Гриффиндора, а потом начинает встречаться с Джинни Уизли, новым ловцом в команде.
Во время занятий с Дамблдором в омуте памяти Гарри видит разговор Слизнорта и Реддла про крестражи, но это воспоминание явно подправлено. Дамблдор даёт задание Гарри заполучить настоящие воспоминание Слизнорта. Кикимер и Добби тем временем отправляются следить за Малфоем по заданию Гарри. Полумна Лавгуд идёт вместе с Гарри Поттером на вечеринку Клуба слизней. Хагрид сообщает, что умер Арагог, и просит своих друзей прийти на похороны. Гарри выпивает зелье удачи и говорит Слизнорту, что у Хагрида умер акромантул. Гораций говорит, что пойдет вместе с мальчиком, потому что ему нужен яд паука. После похорон Хагрид и Слизнерот напиваются и расчувствовавшийся Гораций отдает Гарри настоящие воспоминания. Вернувшись в замок, Гарри отправляется к Дамблдору. Там Поттер узнает правду про крестражи: оказывается, что дневник Тома Реддла был одним из крестражей Волан-де-морта, созданных ещё во время обучения в школе.
Поттер продолжает следит за Драко и становится свидетелем его слёз в туалете. Малфой завязывает дуэль с Гарри, но при помощи заклинания, прочитанного в книге Принца-полукровки, Поттер чуть не убивает Малфоя. Призрак Миртл начинает кричать и в туалете появляется Снегг, он накладывает на Драко заклятие, затянувшее его раны.
Во время очередного урока Дамблдор и Гарри отправляются в пещеру, там он узнает, что обожжённая рука Дамблдора — это результат охоты за одним из крестражей (кольцом Слизерина) и вот они пришли за другим. Дамблдор выпивает чашу с ядом, на дне которой лежит медальон, позже выясняется, что некий Р.А.Б. уже выкрал настоящий крестраж, поменяв его на фальшивый. Благодаря Гарри они с Даблдором выбираются из пещеры и возвращаются в Хогсмид. Там Гарри замечает, что над Хогвартсом висит смертельный знак Волан-де-Морта. Несмотря на то что Дамблдор очень слаб, оба мага, используя метлы, летят к школе.
На башне Астрономии Дамблдора парализует Гарри заклинанием и накрывает мантией-невидимкой. Под мантией Гарри наблюдает, как Малфой пытается убить директора, а также сообщает, что он с помощью связывающих шкафов провел в Хогвартс Пожирателей Смерти, которые внизу сражаются с Орденом Феникса. Тут появляется Северус Снегг, Дамблдор о чём-то умоляет его, в следущий момент Снегг убивает директора.
Пришедший в себя Гарри бежит за Снеггом, чтобы отомстить ему. Поттер использует заклинания из книги по зельеварению, но Снегг очень быстро отражает их, а потом издевательски говорит, что он и есть Принц-полукровка. Выйдя за пределы Хогвартса Малфой и Снегг трансгрессируют.
Во время битвы между Орденом Феникса и Пожирателями Смерти оборотнем был укушен Билл Уизли, его лицо было сильно обезображено, но оборотнем Билл не стал. Флер не отказывается от идеи замужества, за что заслуживает доверие у миссис Уизли.
Целый день Фоукс поёт свою грустную песню. Весь Хогвартс скорбит по павшему Директору. Гермиона пытается узнать про таинственного автора записки, но все безуспешно. Проводить Дамблдора в последний путь приезжают многие служащие министерства. Друзья готовятся покинуть Хогвартс. Гарри считает, что он не вернется в школу на следущий год, он должен найти все крестражи. Рон и Гермиона готовы тоже бросить школу и помочь Гарри в его поисках. А пока, до семнадцатилетия, Гарри вновь возвращается к Дурслям.