Действие игры разворачивается на территории Италии образца 1476-го года. Альтаир снят с должности главного героя и его место заменил флоренцианский представитель знати Эцио Аудиторе де Фиренце – тоже дальний родственник Десмонда, из генов которого выкачивают ценную информацию.
Леонардо да Винчи, как и несколько других исторических личностей тех времен (скажем, Николло ло Макиавелли и Катерина Сфорца), будут помогать нашему профессиональному киллеру. Да Винчи – своими невероятными изобретениями (в статье, кстати, говорится о том, что у Эцио будет сразу два «скрытых» кинжала – по штуке на каждую руку), Макиавелли – советами как убить цель "тихо и без пыли". Ну а Катерина Сфорца – просто еще один союзник на итальянской политической сцене.
Однако не все исторические персоны будут нам друзьями. Нажить врагов – задача, в общем-то, не сложная. Так, протагонисту посчастливиться устроить покушение на жизнь знатного и влиятельного итальянского политика Лоренцо де Медичи.